1368年1月23日，元朝至正二十八年，明太祖朱元璋一致南边，建设明朝，之后派遣徐达领兵北伐边疆，进攻元朝首都大都。
此时的元朝皇帝是元惠宗，在明朝大兵压境的状况下，9月10日元惠宗率领三宫后妃、皇太子、皇太子妃以及大小官员百十余人，开大都的健德门，撤离北走上都。
9月14日，明军从大都的齐化门攻城而入，监国淮王帖木儿不花，中书左丞相庆童，平章迭儿必失、朴赛因不花，右丞张康伯，御史中丞满川等人拒绝投诚而殉国，元朝在边疆的统治完结，回到外乡蒙古草原。
此时的元朝仍管制着中书省的西部地域、岭北行省、辽阳行省、甘肃行省、陕西行省，以及位于西南的飞地云南行省等省份，仍保有必定的力气，与明朝构成南北相持，这是中国历史上又一个南北朝时期。
元惠宗撤离大都后，继续经常使用“大元”国号。通过与明朝的几次抗争，北元先后失掉几十万兵力，再也有力南下与明朝相争，元惠宗试图复原边疆故土的希图彻底失败。
元惠宗死后，元昭宗即位，立意仿效周宣王姬静、汉光武帝刘秀等中兴帝王一样中兴大元，复原元朝在边疆的统治。
但元朝曾经属于强弩之末，在明军六次北伐的弱小功势下，元朝在军事、经济方面遭受了渺小损失，彻底丢失了与明军争夺天下的实力和信念。关于明朝而言，蒙古曾经成为了“边患”，而不再是前一个边疆王朝的剩余权利。
元昭宗逝世，其弟元天元帝脱古思帖木儿继位，继续和明朝反抗，屡次进攻明朝边陲，但都掀不起多大的浪花。
1388年也速迭儿用弓弦缢杀了元天元帝篡位称汗之后，蒙古开局逐渐决裂为东部鞑靼（蒙古本部）、西部瓦剌、鞑靼东部兀良哈三大部落。
元天元帝败亡之后又历经四代传至坤帖木儿时，鬼力赤于明建文四年（1402年）杀害坤帖木儿，继而登上大汗之位。明正统三年（1438年），瓦剌部的脱欢培植大汗脱脱不花击败同时并立的大汗阿岱，一致了蒙古诸部。
明正统十四年（1449年），脱欢之子也先入侵明朝，俘虏明朝皇帝明英宗朱祁镇，史称土木堡之变。[达延汗与满都海哈屯在15世纪从新一致蒙古诸部，史称达延汗中兴。
但是，达延汗在帝国以封地的名义分封于其儿子与亲戚，造成了帝国统治的权利下放虽然权利下放，但是达延汗与蒙古贵族之间仍坚持着良好的关系，孛儿只斤家族的内斗并不重大，直到林丹汗统治时期（1604年－1634年），蒙古外部的纷争中削弱了自身的力气。
明崇祯八年四月二十八日（1635年6月12日），林丹汗之子额哲投诚清太宗皇太极过后统治的后金政权，元太祖成吉思汗建设的大蒙古国历经430年之后正式宣告消亡。
历史上咱们普通把元朝的消亡时间定于1368年。而“北元”的“北”理论用于辨别1271年建设的元朝和1368年之后的政权。
但是常年以来，关于这一史学概念的经常使用领域却众说不一。争执的焦点就是“北元”是指1368年至1388年这20年间的蒙古历史，还是指1368年至1635年这268年间的蒙古历史。
其实，咱们所说的“北元”仅指大蒙古国的一个阶段。大蒙古国（1206年－1635年）依照中国称号的划分，可划为蒙古（1206年－1271年）、元朝（1271年－1368年）、北元（1368年－1388年）、鞑靼（1388年－1635年）。
从成吉思汗开局的“大蒙古国”政权依然继续，鞑靼政权常年沿用元朝时代的汉制职官，至达延汗时才基本勾销。大蒙古国政权间断至1635年察哈尔部为满洲的后金所消亡。
